続柄の配偶者フラグとは何ですか？

配偶者基礎年金番号欄を入力可とするか非活性とするか自動判定させるためのものです。

従業員登録＞家族にて、続柄を選択する際に配偶者フラグが「配偶者」となっている続柄を選択した場合、配偶者基礎年金番号欄に基礎年金番号を入力することができるようになります。