社員台帳や勤務データのCSV出力時に社員番号（従業員ID）や電話番号の最初の0はExcelの仕様により消えてしまいます。
詳細
この状態でインポート画面から再度登録を行うと、社員番号が「01」と「1」で重複した形で登録されてしまいます。
こちらに対応するため、以下の方法にて社員番号の頭0を表示させるようにします。
インポートの手順
1．レポートで社員台帳（インポート用）をダウンロードします。
※この際、まだデータは開かないようにしてください。
2．Excelを別で新しく立ち上げます。
①Excel内の[データ]を選択します。
②外部データの取り込みから[テキストファイル]をクリックします。
3．[カンマやタブなどの区切り文字によってフィールドごとに区切られたデータ]を選択し、[次へ]をクリックします。
4．区切り文字を「カンマ」に設定して、「次へ」をクリックします。
5．[文字列]を選択し、完了をクリックします。
6．下記画面が表示されたら、貼り付ける箇所を選択し、[OK]をクリックします。
7．CSV（カンマ区切り）ファイルとして名前を付けて保存します。
8．保存したファイルをインポートします。
詳細はこちらです。